Saat ini kedua negara sedang menegosiasikan pembentukan Free Trade Agreement yang diusulkan Chile dan setelah Indonesia-Chile Joint Study Group (JSG) on the Feasibility of FTA kedua negara merampungkan tugasnya 11-12 November 2009 di Bali dimana JSG FTA memberi rekomendasi positif untuk memulai perundingan FTA.
Untuk hubungan ekonomi, Chile adalah salah satu mitra dagang utama Indonesia di kawasan Amerika Selatan dan Chile merupakan negara tujuan ekspor ke-47 dan negara sumber impor ke-34 bagi Indonesia. Pada Maret 2012 Misi Dagang Indonesia ke Chile telah mengadakan Seminar Ekonomi, One on one Business Meeting dan Pertemuan Ketua Delegasi dengan Pemerintah Chile dalam rangka peningkatan volume dagang RI ke Chile dan hal-hal terkait lainnya.
Volume perdagangan kedua negara tahun 2011 berjumlah US$ 572,1 juta, meningkat 40% dari tahun 2012 sejumlah US$ 407,7 juta. Adapun Komoditi ekspor utama Indonesia ke Chile adalah carbon, caucho y productos derivados, components, automotrices, electricidad y electronic, calzados, muebles y textil. Sementara komoditi ekspor utama Chile a Indonesia yaitu; mineral de hierro, cobre, celulosa, frutas, leche en polvo, salmon y vino.